koobee S306運行Android智能操作系統，并且對用戶界面進行了一定的二次開發，主界面下邊緣處固定了通話、電話薄、短信、應用程序菜單四個功能鍵，應用程序界面為橫向切換滑動，每一屏可以容納16個應用圖標，但下邊緣的功能鍵沒有變化。
眾所周知，koobee手機品牌形象代言人是亞洲性感天后蔡依林，因此koobee S306內置了多套蔡依林的高清壁紙。并且S306還支持視頻壁紙功能，打開手機隨時隨地可以看到自己的偶像，這也一種用戶體驗。
koobee S306同樣內置了koobee自主研發的多項應用，如蝌蚪市場（下載管理應用程序），蝌蚪天氣（天氣預報），蝌蚪便簽（便捷記事本），蝌蚪衛士（阻截短信、電話騷擾）。其他包括金山WPS文檔處理、數據備份恢復、通話錄音、號碼歸屬地顯示、電話本同步備份，全都是koobee S306應用層面的優勢。
