系統方面，魅藍U20搭載Flyme powered by YunOS系統，支持手機找回等功能。該機配備了魅族mTouch，支持指紋支付，支付寶、微信均可。
該版本系統應用依然是扁平化的風格，圖標以矩形或圓形為主，沒有明顯暗影，文件夾為半透明狀，整體給人感覺很清爽。
Flyme powered by YunOS
支持長截圖
另外，魅藍U20當中也內置了一些阿里方面的應用，包括淘寶、天貓、阿里此刻等。當然，去哪兒旅行、新浪微博等也已經屬于阿里生態旗下，所以整個魅藍E其實可以看做是以阿里生態為主的千元硬件終端。多說一句，騰訊自稱是軟件為主的企業，那么阿里其實是已經開始嘗試往軟硬兼具方向上走。
