在系統方面，金立M5搭載了基于谷歌Android 5.1深度定制Amigo 3.0，界面風格延續了金立S7的風格，擁有主流的一體式桌面，手機中的所有應用均位于桌面界面，左右滑動即可進行查看，為用戶日常使用帶來極大的方便，而這正是一體式桌面大行其道的原因所在。當然，它也支持桌面文件夾管理功能，而且加入了應用首字母檢索功能，體驗方面更加便捷。
桌面界面(“匠心”主題)
桌面界面(“星韻”主題)
同時，金立M5同樣擁有多套在線主題供用戶選擇，滿足了不同用戶的個性化需求。它還增加了兩套全新的本地主題——“星韻”和“匠心”，有必要在這里強調一下。其中，“匠心”主題的圖標以金色和白色為主色調，如圖所示，圖標以圓角矩形為主，設計頗為精致，呈現了奢華的商務風范。相信這樣的設計，會得到眾多商務人士的喜歡。除此之外，它還擁有清新別致的“星韻”本地主題。
通知管理界面
另外，金立M5對于“應用通知”管理進行了再度優化。在管理界面，用戶可以決定某個應用的屬性，是否為重要通知(注：重要通知會在鎖屏顯示)，以及是否顯示來自該應用的通知。它有效解決了Android手機垃圾通知過多以至于“淹沒”重要通知的問題，讓應用程序的通知內容回歸用戶自己掌控，實用性極強。需要說明的是，它的“控制中心”依然通過由底邊向上滑動的方式調出。
通話界面和短信界面
金立翻譯界面
此外，值得一提的是，除了系統管家、金立軟件商店這些金立手機常見內置應用之外，金立M5還預置了金立錄音寶和金立翻譯兩大應用。其中，金立錄音寶的亮點在于它不僅可以清晰記錄聲音，還可以快速實現語音與文字轉換(注：需要連接網絡)，功能強大。而金立翻譯則可以輕松實現英漢互譯(注：需要連網)，用戶出國旅游時能夠為其帶來諸多便利。
