安卓允許用戶對設備進行自由的設置，同時用戶也能夠對設備進行Root操作，當然，Root會帶來一定的安全風險。基于此考慮，三星的S6在Root后會禁用Samsung Pay功能。
Samsung Pay被視為三星用于對抗Apple Pay的一項服務，三星為Samsung Pay拉來了Visa、MasterCard等合作伙伴。
據悉，為了保證這套支付系統的安全，三星還為設備配備了自家的Knox安全套件。但是一旦設備被Root，Knox將無法保證正常運作，因此Samsung Pay也不得不被系統禁用。
目前，三星還沒有給出一個兩全其美解決的辦法。
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